Z kontrol rovněž vyplynulo, že ministerstvo dopravy a Státní fond dopravní infrastruktury (SFDI) nemají z hlediska finančních možností v modernizaci železnice jasně stanovené priority. Ministerstvo dopravy pochybení připustilo. Jde ale prý o chyby z minulosti, ke kterým by v současnosti už dojít nemohlo.

NKÚ dále uvedl, že v průběhu přípravy a modernizace železničních uzlů se významně měnily finanční a časové parametry projektů. Problematické jsou i nejasně rozdělené rozhodovací pravomoci mezi ministerstvem a SFDI. „Modernizaci železnice nejvíce komplikuje nastavení financování projektů – peníze na ně se totiž rozdělují vždy jen na jeden rok, aniž by byly zajištěny prostředky na roky další," uvedl NKÚ. Projekty jsou přitom převážně otázkou více let, někdy i desetiletí.

Ministerstvo dopravy například v rámci projektu modernizace odstavného nádraží v Brně dodatečně schválilo vybudování myčky vagónů. Kontrolorům ale nepředložilo žádný doklad, který by prokazoval ekonomickou efektivnost a návratnost této investice. „Myčku Správa železniční dopravní cesty (SŽDC) postavila za 305,7 milionu korun. V roce 2011 ji pak pronajala soukromé společnosti za čtyři miliony korun za rok. Investiční náklady na postavení myčky by se tak bez započtení inflace a jejího opotřebení měly SŽDC vrátit za 75 let," uvedl NKÚ.

Chyby, které dopravnímu resortu nyní NKÚ vyčítá, jsou pochybení vzniklá v roce 2009, řekl náměstek ministra dopravy Lukáš Hampl s tím, že řada postupů se v resortu za tuto dobu změnila. Od roku 2011 například každý projekt automaticky prochází prošetřením ekonomické efektivnosti a pokud je vyhodnocen jako neefektivní, je automaticky zastaven. Podobně nesmlouvavé je podle něho ministerstvo podle nových standardů i v případě víceprací. Pokud investorská organizace provádí nějaké větší změny v projektu, které jsou spojené se vznikem víceprací, musí tyto změny nejprve posvětit ministerstvo, do­dal.

Nedostatky kontroloři zjistili i v zadávání veřejných zakázek. SŽDC u kontrolovaných projektů zadávala dodatečné stavební práce v jednacím řízení bez uveřejnění, aniž by prokázala splnění všech zákonných podmínek. U jedné nadlimitní zakázky neoprávněně zkrátila lhůtu na podání nabídek.