Během Tomanova působení v resortu nastalo v čele podřízených podniků a institucí již několik personálních změn. Začátkem října po dohodě skončil například dlouholetý šéf Státní zemědělské a potravinářské inspekce Jakub Šebesta. Jen o několik dní dříve odvolal Toman ředitele Národního hřebčína v Kladrubech nad Labem Jiřího Jehličku, v polovině září odvolal ředitele Ústavu zemědělské ekonomiky a informací (ÚZEI) Jan Šlajse.

Beránek stál v čele podniku od letošního května. Během červnových povodní byl médii a následně i tehdejším ministrem zemědělství Petrem Bendlem, který jej do funkce jmenoval, kritizován. Nedokázal totiž během vystoupení v televizi přesně informovat o stavu tehdy kulminujícího Labe. Určité pochybnosti o vedení podniku naznačil Toman v srpnovém rozhovoru pro Mladou frontu Dnes. Šebesta, je podle ministerstva dlouholetým pracovníkem povodí se zkušenostmi z řady funkcí, má vysokoškolské vzdělání v oboru vodního hospodářství.

Povodí Labe zajišťuje péči o vodní toky a jejich údržbu, provoz vodních děla další činnosti na území podél celého toku Labe, tedy od Trutnovska po Děčín. Podnik zaměstnává přes 900 lidí. V roce 2011 při výkonech 961 milionů korun vytvořil zisk 30 milionů korun. Aktiva firmy činila téměř 4,8 miliardy korun.