Studium a praxe1989-1994: 
obor Technologie vody na Fakultě technologie ochrany prostředí VŠCHT v Praze (Ing.)
1991-1995:
obor Náboženské nauky na KTF UK v Praze (Mgr.)
1994-1997:
obor Aplikovaná a krajinná ekologie na VŠCHT v Praze (Dr.)
1999-2006: obor Filosofie na FF UK v Praze (Ph.D.)
2000 dosud:
Filosofický ústav AV ČR, oddělení pro starší českou a evropskou filosofii,
Katedra filosofie a religionistiky Teologické fakulty (TF) JČU
2002-2004:
externí člen Katedry filosofie na Katolické teologické fakultě Univerzity Karlovy v Praze
2002-2008:
proděkan pro vědu a rozvoj TF JČU
2005-2008:
obor Systematická teologie na TF JČU (Th.D.)
2010: habilitace v oboru Filosofie na Filosofické fakultě Univerzity Palackého v Olomouci (doc.)
2008-2016:
děkan Teologické fakulty JČU

Před šestnácti lety nastoupil na katedru filosofie a religionistiky teologické fakulty, kde hodlá působit i nadále.. „Rektorem se stává člověk z řady akademiků, mezi které se zase po čase vrací. Proto chci zůstat v kontaktu se studenty, akorát jej musím nyní omezit," řekl.

S plným nasazením se nyní naopak pustí do svých dvou hlavních úkolů. Prvním je předání funkce děkana a poté převzetí rektorátu od Libora Grubhoffera. Oficiálně začne úřadovat po jmenování prezidentem Milošem Zemanem. Základní představy o svých nejbližších spolupracovnících už ale má. „Je dobré zachovat určitou kontinuitu," řekl. Zároveň však na rektorátu nevyloučil možné změny. „Každý pracovní tým si musí sednout a zároveň je dobré, aby v něm nebyli lidé třeba jen z jedné fakulty," naznačil.

S některými kandidáty na posty prorektorů je prý již domluven. Další nyní osloví. Jisté je, že v nejužším vedení nepočítá s Liborem Grubhofferem. „Současného rektora si velice vážím. Patří k osobnostem, se kterými bych vždy rád spolupracoval. Ale v této situaci to není vhodné," poukázal na fakt, že osoba Libora Grubhoffera rozdělila univerzitu na dva tábory.

Tomáš Machula se těší v pracovním životě na nové úkoly. Podle svých slov doufá, že pro další čtyři roky chytne svěží vítr. Důraz bude klást v systému výuky na přechod od kvantity ke kvalitě. „Měli bychom se snažit také o větší mezinárodní rozvoj," sdělil.

Dokončil úkol a může odejít

Na úplný závěr čtvrté volby rektora Jihočeské univerzity si předseda jejího akademického senátu Ondřej Doskočil vzal slovo a oznámil, že ve své funkci končí. Od dubna se totiž stane proděkanem Zdravotně sociální fakulty JU (ZSF), a tudíž nemůže být současně členem senátu.

Po zvolení rektora si tak výrazně oddychl. Bral jej jako nutný úkol, který je třeba dokončit. „Rozhodně jsem se nechtěl stát proděkanem dříve, než by byl znám nový rektor," potvrdil. Jinak by prý s děkankou ZSF jednal o oddálení svého jmenování. Nyní už jeho povýšení nic nebrání. A senát čeká volba nového předsedy.

Ondřej Doskočil sice odchází s čistým stolem, jedna věc ho ale mrzí. „Mandát nového rektora není silný. Minimální počet hlasů pro zvolení svědčí o tom, že univerzita není sjednocená. Tomáš Machula tak musí přesvědčit o svých kvalitách," sdělil.

Kdo kandidoval1. volba:
Libor Grubhoffer (rektor JČU), Miloslav Šoch (děkan Zemědělské fakulty JČU)
2. volba:
Libor Grubhoffer (rektor JČU), Václav Bůžek (ředitel Historického ústavu FF JČU), Dalibor Štys (zástupce ředitele Ústavu komplexních systémů Fakulty rybářství a ochrany vod JČU)
3. volba:
Libor Grubhoffer (rektor JČU), Miloslav Šoch (děkan Zemědělské fakulty JČU), Pavel Kozák (ředitel Výzkumného ústavu rybářského a hydrobiologického Fakulty rybářství a ochrany vod JČU)
4. volba:
Tomáš Machula (děkan Teologické fakulty JČU), Dagmar Škodová Parmová (prorektorka pro zahraniční vztahy JČU), Lubomír Pána (rektor Vysoké školy evropských a regionálních studií)
Poznámka: Současný mandát Libora Grubhoffera vyprší 31. března. Ve funkci působil jedno čtyřleté volební období.