Pelikán byl ministrem spravedlnosti od března 2015 ve vládě Bohuslava Sobotky (ČSSD), v níž nahradil svou kolegyni z hnutí Helenu Válkovou. Ve funkci zůstal i v současném prvním kabinetu Andreje Babiše (ANO), který od konce ledna vládne v demisi. Svůj odchod z politiky zdůvodnil Pelikán začátkem dubna mimo jiné názorovým rozchodem s hnutím ANO, jehož členem ale chce zůstat.

Za Pelikána by měla do poslaneckých lavic nastoupit ředitelka neziskové organizace Sdružení Plus 50 Monika Červíčková, která je první náhradnicí na pražské kandidátce ANO v loňských podzimních volbách. Slib by mohla složit v úvodu schůze dolní komory, která začne za týden.

Lubomír Zaorálek.
Zaorálek místo Pocheho? ČSSD by měla zvážit jiného kandidáta, tvrdí Zimola

Pelikán je v tomto volebním období pátým poslancem, který složil mandát. Hned na listopadové ustavující schůzi rezignovali středočeská hejtmanka Jaroslava Pokorná Jermanová (ANO), její liberecký kolega Martin Půta (STAN) a bývalý senátor Jiří Hlavatý (za ANO). Koncem března se poslaneckého mandátu vzdal někdejší bývalý premiér a předseda ČSSD Sobotka.

Pelikán už v dubnu uvedl, že o odchodu z politiky uvažoval delší dobu, k rozhodnutí přispěl i jeho verdikt o vydání ruského hackera Jevgenije Nikulina do Spojených států. Prezident Miloš Zeman ministra před tím žádal, aby Nikulina vydal do Ruska. "Očekával jsem, že to vyvolá u některých politických subjektů v Česku nepřátelské reakce a nechtěl jsem tím zatěžovat jednání o budoucí vládě," podotkl tehdy Pelikán.

Jako další důvod uvedl, že jeho stanoviska a názory nejsou vždy v souladu s většinovým stanoviskem ANO. Týká se to podle něj třeba postoje k hnutí SPD Tomia Okamury a nahlížení na lidská práva. Babiš tehdy řekl že Pelikán byl v hnutí ANO zástupcem městských intelektuálů a jeho hlas bude chybět.

Po odchodu z politiky se Pelikán hodlá vrátit do advokacie. Chce také přednášet na právnické fakultě.

Předseda Senátu Milan Štěch.
Štěch se opřel do Filipa: Kvůli intrikaření se mu vše pomotalo v hlavě