Opozice soudí, že instituce vznikla jako nástroj pravicové vlády pro ideologicky zabarvené zkoumání minulosti. „Stát by neměl rozhodovat o výkladu dějin,“ řekl Deníku Zdeněk Jičínský z ČSSD, který v Brně zastupuje navrhovatele.

Podle něj už ústav pod vedením ředitele Pavla Žáčka za krátkou dobu své existence prokázal svou nemístnou zaujatost. Jičínský narážel na Žáčkovu roli v odhalení minulosti poslance ČSSD Evžena Snítilého, který přes usnesení své strany dal svůj hlas v prezidentské volbě Václavu Klausovi. V týdnu před druhou volbou právě Žáček přišel s informací, že Snítilý se objevuje v registrech komunistické Vojenské kontrarozvědky.

Když premiér Mirek Topolánek předával čestnou plaketu mašínovci Milanu Paumerovi, zmínil i roli přítomného ředitele Žáčka. „Při cestě k uznání třetího odboje sehrává Ústav paměti národa, jak mu stále říkám, značnou roli,“ uvedl tehdy Topolánek.

Jičínský Deníku sdělil, že opozice předložila Ústavnímu soudu návrh na zrušení celého zákona. „Pokud by soud naše argumenty neuznal, pak trváme alespoň na zrušení paragrafů o bezúhonnosti a způsobilosti,“ konstatoval Jičínský. Měl tím na mysli pasáž zákona, v níž je působení v radě ústavu neslučitelné s členstvím v KSČ v letech 1948 – 1989.