Sedmapadesátiletý Brennan se má stát nástupcem Davida Petraeuse, který na svou funkci rezignoval v listopadu kvůli své milostné aféře. Ve vedení úřadu ho dočasně zastupuje Michael Morell, který byl v USA považován za hlavního kandidáta na šéfa tajné služby.

Obama se však rozhodl nominovat Brennana, který má za sebou čtvrtstoletí práce u CIA a jejím šéfem se mohl stát již před čtyřmi lety. Tehdy o něm po svém prvním zvolení prezidentem Obama uvažoval také, Brennan se však o post ucházet odmítl kvůli tomu, že byl spojován s kontroverzními praktikami při výsleších CIA během vlády prezidenta George Bushe mladšího. Svůj podíl na tvrdém zacházení s vězni včetně waterboardingu Brennan ale odmítá.