Ballard na začátku 80. let sestrojil podvodního robota s cílem lokalizovat vrak Titaniku, na svou expedici však neměl dost peněz. Proto se obrátil na americké vojenské námořnictvo a požádal je, aby jeho projekt financovalo.
Krycí mise
Admirálové však podle listu London Times dali Ballardovi jasně najevo, že je vrak slavného parníku ani v nejmenším nezajímá. Námořnictvo mělo ale eminentní zájem zjistit, co se přihodilo dvěma jaderným ponorkám, které ztratilo v 60. letech během studené války.
Ballard proto v roce 1984 dostal fondy na to, aby vypátral vraky ponorek USS Thresher a USS Scorpion. Hledání Titaniku posloužilo jako zástěrka jeho tajné mise.
Tresher, ve svém době nejmodernější ponorka světa, klesl ke dnu v roce 1963 se 129 muži na palubě při testovací plavbě po opravě v docích.
Posádka ještě stihla sdělit povrchovému plavidlu Skylark, že praskl přívod chladící vody k jadernému reaktoru. Pak klesla do hlubin a tlak rozdrtil její trup.
Scorpion s posádkou 99 mužů zmizel v roce 1968. Američané měli podezření, že ho potopili Rusové.
Jaderné reaktory
Americkou armádu také velmi zajímalo, co se stalo s jadernými reaktory obou ponorek. V té době docházelo kvůli dohodě SALT II k redukci ponorkových flotil a Pentagon uvažoval, zda by vyřazené jaderné reaktory nemohl ukládat na dno moře.
Ballard přiznává, že obě ponorky za nejpřísnějšího utajení nalezl a jejich vraky propátral. Po vraku Titaniku směl začít pátrat až po splněné této supertajné mise pro americké námořnictvo.
Tresher se po implozi v hlubinách roztrhal na tisíce kousků. Scorpion byl kompletně zničený a vypadal, jako by ho někdo protáhl drtičem. Ballard dospěl ale k závěru, že ponorku zničilo zbloudilé torpédo, které sama vypálila.
Zjistil také, že jaderné reaktory těchto dvou ponorek nepředstavují hrozbu pro životní prostředí.