Stavba poutního kostela svatého Jana Nepomuckého se realizovala díky spolupráci dvou výjimečných lidí. Podnět vyšel od opata žďárského kláštera cisterciáků Václava Vejmluvy, který byl ctitelem Jana Nepomuckého ještě před blahoslavením a posléze kanonizací této osobnosti, samotným projektem stavby pak byl pověřen zmíněný slavný architekt Santini.
Mystické aspekty dispozice stavby byly zmiňovány již v období jejího vzniku. Základem je kompozice pěticípé hvězdy (pěticípý půdorys, pět vchodů, pět oltářních výklenků, dvakrát pět kaplí kolem centrálního prostoru, pět hvězd a pět andělů na hlavním oltáři), symbol nejen pěti ran Kristových, ale také pěti písmen v latinském slově „tacui“ (mlčel jsem).
Dále také symbol pěti hvězd ve svatozáři mučedníka svatého Jana Nepomuckého, které se podle legendy objevily ve Vltavě po jeho utonutí.
Legenda o skrytém jazyku
Ve vrcholu kupole se nalézá jazyk jako symbol Jana, mučedníka zpovědního tajemství. Objevuje se i ve tvaru lomených oken, jejich zakomponování u lucernových kaplí nad vstupními vestibuly připomíná meč zasazený v pochvě. Podle legendy totiž Jan nevyzradil zpovědní tajemství a jeho jazyk zůstal skryt v ústech právě jako meč v pochvě.
Kostel je obklopen ambity ve tvaru deseticípé hvězdy, skýtajícími poutníkům ochranu před nepřízní počasí. Vztah deseticípé hvězdy (odkaz na desetibokou mariánskou studnici ve žďárském klášteře) a pěticípé hvězdy (symbol Panny Marie) symbolizuje žďárskou cisterciáckou studnici.
Po sedmdesáti pěti letech se na Zelenou horu vrátily tři zvony – ve věži kostela je nyní svatý Cyril a Metoděj, v ambitu svatý Vojtěch a svatá Zdislava. Všechny zvoní současně každou sobotu v 16 hodin a každou neděli v poledne. Pravidelná bohoslužba se koná vždy v sobotu v 16:30 hodin.
