Největší podíl financí má podle návrhu ministerstva dopravy směřovat na výstavbu a údržbu silnic a dálnic. Celkem má jít o 46,6 miliardy korun, se kterými by napřesrok mělo hospodařit Ředitelství silnic a dálnic (ŘSD). O zhruba tři miliardy korun méně by mělo být vyčleněno pro Správu železniční dopravní cesty (SŽDC), která financuje výstavbu a opravy kolejí. Dalších téměř 1,9 miliardy korun má směřovat do Ředitelství vodních cest (ŘVC), které se zabývá budováním infrastruktury na splavných řekách.

Podle návrhu ministerstva by 44 miliard korun mělo do rozpočtu fondu dopravy přitéci z národního rozpočtu, silniční daně, výběrů mýta a z prodaných dálničních kupónů. Zbytek by měl být uhrazen z fondů evropské unie a z nevyčerpaných přebytků fondu v letošním roce.
Z elektronického mýtného a dálničních kuponů by napřesrok podle předběžných odhadů mělo být vybráno 12,3 miliardy korun. Dalších 5,4 miliardy by mohl fond dopravy získat z výnosů ze silniční daně a 7,2 miliardy ze spotřební daně z minerálních olejů.

Výše peněz určených pro SFDI není v posledních letech stabilní a rok od roku se výrazně liší. Na to si vedení fondu dlouhodobě stěžuje a poukazuje na skutečnost, že dopravní stavby jsou dlouhodobé projekty, které se realizují řadu let a finanční nestabilita ztěžuje jejich smysluplné plánování.

V roce 2010 hospodařil fond s 96 miliardami korun, o rok později byl jeho rozpočet snížen na 61,3 miliardy korun. Výrazného navýšení se dočkal opět až v letošním roce, přestože podle střednědobého výhledu mělo být množství peněz směřujících do fondu naopak omezeno.