Nejvyšší kontrolní úřad prověřil, jakým způsobem ministerstvo pro místní rozvoj vytvářelo v letech 2011 až 2016 jednotné metodické prostředí. JMP představuje soubor pravidel a postupů pro poskytovatele podpory z Evropské unie, které mají přispět ke zlepšení v nakládání s evropskými penězi, zvýšit transparentnost a snížit administrativní zátěž spojenou se získáním podpory.
Nástrojem pro aplikaci těchto pravidel je informační monitorovací systém MS2014+, který umožňuje například podávat žádosti o podporu elektronicky. Do srpna 2016 MMR vydalo na JMP 880 milionů korun, přičemž 872 milionů korun z těchto peněz zaplatilo za MS2014+.
Kontrola NKÚ u monitorovacího systému MS2014+ odhalila závažné nedostatky. Ukázal se jako komplikovaný, a to například kvůli množství specifických a individuálních požadavků ze strany poskytovatelů podpory. Kvůli své komplikovanosti má systém navíc i problémy se stabilitou – například od června 2015 do dubna 2016 vypadával v průměru jedenapůlkrát denně.
V září 2015 kvůli chybě v systému zase došlo k odložení příjmu žádostí o podporu z OPPIK o dva měsíce. Kontroloři se také setkali s častými chybovými hláškami, pomalými odezvami či zamrzáním systému.
Vzhledem k tomu, že čerpání finančních prostředků v novém programovém období zaostává, nároky na stabilitu systému ještě porostou s tím, jak se bude zvyšovat objem dat. Z hlediska kvality informací pak monitorovací systém neposkytoval vždy srovnatelné a spolehlivé údaje.
Problematické je i financování tohoto systému. Na jeho vybudování měla přispět z 85 procent Evropská unie. Z různých důvodů – například kvůli neuznání některých výdajů k proplacení či problémům se zadáváním veřejných zakázek – se snížilo financování z evropských zdrojů až na 57 procent. Konečná výše spolufinancování z Evropské unie se ale může ještě změnit. Záležet bude také na tom, jak ÚOHS a Policie ČR posoudí některé související veřejné zakázky, které prověřují.

"Systém funkční je a prošel patřičnými testy. Kontroloři ale došli k řadě správných závěrů. NKÚ v mnoha ohledech správně analyzuje koncepční problém rozvoje monitorovacího systém v tom, že některá ministerstva dlouhodobě vznášejí požadavky, které jdou proti myšlence jednotného prostředí, čímž za provozu vzniká stále složitější systém," sdělil Deníku Tomáš Jelínek, mluvčí společnosti firma Tesco SW, která systém dodala. Podle něj se ale v něčem NKÚ také mýlí.
Kontroloři si prý pletou výpadky systému s hlášeními požadavků na systém. To jsou především žádosti o technickou pomoc s prací systému nebo o opravu dat, která si uživatelé sami poškodili špatným postupem. Poškození může vzniknout také v nastavení systému řídicím orgánem. "Jen asi pětina těchto požadavků se týká řešení nějakých technických problémů, ale to i včetně testovacího a referenčního prostředí, s nímž žadatelé o dotace nepřijdou do styku. V šetřeném období navíc žádný komplexní výpadek systému nebyl," říká Jelínek.

Na konci roku 2016 Česká republika vyčerpala jen 3,6 procenta z celkových více než 600 miliard korun ze zdrojů Evropské unie, na které můžeme v období 2014 – 2020 dosáhnout.
Problémovým faktorem, který NKÚ při kontrole zjistil, a který se negativně podepisuje na čerpání, je také dlouhý proces hodnocení a schvalování projektů. Ke konci roku 2016 trvalo schválení projektu v průměru 198 dní, přestože poskytovatel dotace měl rozhodnout „bez zbytečného odkladu".
Přitom právě vytvoření JMP mělo být jedním z kroků, které měly zlepšit podmínky pro čerpání evropských peněz. Pravidla upravující postup při rozdělování evropských dotací, která jsou zpracována na přibližně dvou a půl tisíci stranách, ale nejsou jednotná.
Jednotnost celého konceptu snižuje například to, že Ministerstvo zemědělství si na vládní úrovni vymohlo výjimku pro Program rozvoje venkova a řídí se podle vlastních postupů. Dalším problémem je, že závazná pravidla nejsou vymahatelná a není stanoveno, kdo by měl na jejich dodržování dohlížet.
