Finanční správa pod Janečkovým vedením čelila kritice kvůli údajnému nadužívání takzvaných zajišťovacích příkazů, kterými může blokovat majetek firem podezřelých z nezaplacení daně. Kritiku nedávno vyvolal také postup Finančního úřadu pro Olomoucký kraj, který podle médií kvůli kontrole elektronické evidence tržeb vyzval k podání informací o svatební hostině téměř stovku novomanželů.