NKÚ uvedl, že opakovaně upozorňuje, že pravidla pro vedení účetnictví a výkaznictví organizačních složek státu musí být v celém rozsahu jednoznačná, srozumitelná a úplná. V účetní závěrce ministerstva zemědělství za rok 2011 ale nebylo možné vyhodnotit správnost použití pravidel u více než 62 miliard korun, proto se NKÚ ke spolehlivosti závěrky nevyjádřil. Nejasnosti se podle mluvčí týkaly například předfinancování výdajů, které má později proplatit EU, nebo majetkové účasti státu v obchodních společnostech.

Kontroloři také zjistili, že ministerstvo zemědělství v roce 2011 uhradilo soukromé společnosti přes 60 milionů korun, a to na základě rozhodnutí soudu, protože MZe muselo dostát svému ručitelskému závazku za úvěr státního podniku. Za tento úvěr 100 milionů korun se ministerstvo v roce 1992 zaručilo v rozporu s tehdejším právním řádem. Státní podnik dluh bance neuhradil. MZe uhradilo 70 milionů korun v roce 1995. Zbytek pohledávky banka postoupila soukromé firmě, která MZe o tuto částku i s úroky zažalovala. Soud nároky soukromé firmy potvrdil.

Nad rámec povinností

Ministerstvo zemědělství předloni také na základě kvalifikačních dohod uzavřených se svými zaměstnanci zaplatilo školné a výdaje spojené se studiem na vysoké škole 21 zaměstnancům za celkem 880.000 korun. „Úhrada školného je podle NKÚ právem smluveným nad rámec povinností organizační složky státu podle zákoníku práce, a proto v rozporu se zákonem o rozpočtových pravidlech," uvedl úřad. Pro podezření z porušení rozpočtové kázně bylo zjištění oznámeno správci daně.

Ministerstvo dnes v reakci na zprávu NKÚ uvedlo, že se bude zjištěním v nálezu podrobně zabývat. „Zjištění v oblasti účetnictví MZe akceptuje a již přijalo opatření k jejich nápravě, k dalším zjištěním uvedeným v kontrolním závěru podalo MZe námitky již 9. listopadu. 2012," uvedlo v tiskové zprávě. Například školné hrazené zaměstnancům studujícím na vysokých školách je prý v souladu s příslušným ustanovením zákoníku práce.