Evropská komise údajně trvá na vrácení 330 milionů a o zbývající stovce milionů se bude rozhodovat později. I když za tunelování Phare stanulo v roce 2006 před soudem deset lidí, včetně náměstka ministra Petra Formana, Česká republika bude zřejmě muset peníze z EU vrátit. Selhalo totiž vyjednávání s Evropskou komisí, která odmítla návrh na obnovení projektu podpory malého a středního podnikání ze zmiňovaného programu.

Ministerstvo pro místní rozvoj se podle deníku Právo snažilo celou situaci zachránit, když prostřednictvím vlády Evropské komisi navrhlo, že zajistí polovinu unijní alokace. Zbytek by dodal stát ze svých rozpočtových rezerv a projekt z 90. let by byl znovu nastartován. Tento návrh Evropská komise definitivně zamítla.

„V současné době komise provádí závěrečné vyúčtování ve výši 330 mil. z celkových 430 milionů. Teprve na základě rozhodnutí komise bude zřejmé, jaký bude další postup,“ uvedl náměstek ministra pro místní rozvoj Miroslav Kalous s tím, že ministerstvo bude bojovat o každou korunu.