Schmidt studoval režii na FAMU v ročníku Otakara Vávry a jeho spolužáky byly hvězdy české nové vlny jako Forman, Věra Chytilová, Evald Schorm či Jiří Menzel. První snímky Schmidt natočil v 60. letech, například postapokalyptické sci-fi Konec srpna v hotelu Ozon.

V 70. letech pak stál za trilogií historických filmů z období pravěku podle knih Eduarda Štorcha - Volání rodu, Osada Havranů a Na veliké řece. Hlavní roli v nich ztvárnil Jiří Bartoška. Režíroval také film s ikonickým hrdinou českých detektivek, kapitánem Exnerem v podání Jiřího Kodeta, Smrt talentovaného ševce.

V závěru své kariéry režíroval třeba i pohádku, a to Jak si zasloužit princeznu s hudbou Ivana Hlase. V polovině 90. let chtěl ještě natočit dobrodružný snímek Situace vlka podle povídky Jacka Londona. Film ale nebyl nikdy dokončen. Na začátku nového tisíciletí stál za seriálem Stříbrná paruka s Borisem Rösnerem o životě kočovných herců na sklonku 19. století.

Poslední rozloučení s Janem Schmidtem se bude podle jeho syna konat ve čtvrtek 3. října ve strašnickém krematoriu v Praze.