O obsazení Čech a Moravy informoval už od ranních hodin český rozhlas. V Českých Budějovicích se po 7. hodině dostavil tehdejší starosta Alois Neumann na radnici, kde mu německý radní Friedrich David oznámil své jmenování vládním komisařem města.

Samotná okupační armáda dorazila v dopoledních hodinách nejprve na Linecké předměstí. Do města vojáci 130. pěšího pluku Wehrmachtu vpochodovali kolem 14. hodiny Divadelní ulicí. Na Masarykově náměstí byli za nepříjemné chumelenice přivítáni nejen místními nacisty, ale i skupinkou českých fašistů, kteří po městě pobíhali s hákovými kříži na rukávech.

Nové názvy
Masarykovo náměstí se stalo náměstím Adolfa Hitlera
Benešova ulice byla přejmenována na ulici Konráda Henleina
Wilsonovo náměstí získalo název po Hermannu Göringovi

Němečtí vojáci ihned začali s propagandistickou vyvařovací a ošacovací akcí, která měla ukázat neutěšené sociální a zásobovací poměry v Čechách. Německý eintopf byl rozdáván na Masarykově náměstí, v restauraci Lucerna, u nádraží a v Kostelní ulici. Sami němečtí vojáci však byli překvapeni, že jsou v českých obchodech levně k dostání zboží a potraviny, které jsou v Německu už dávno nedostatkové.

Protižidovská opatření 

V první den okupace zasáhlo do života českých obyvatel především nařízení o jízdě vpravo. Objevila se ale i první protižidovská opatření. Osobám židovského původu bylo zakázáno vykonávání lékařské a advokátní praxe. V prvních dnech okupace židovští živnostníci raději ani neotevřeli své obchody. Ty se totiž ihned staly terčem útoků českých fašistů, kteří jim beztrestně rozbíjeli kamením výkladní skříně.

Ihned se však objevily i první známky vzdoru. Ve všech jihočeských městech se u pomníků a pamětních desek T. G. Masaryka objevovaly květiny, občané nosili v klopách české trikolory a na stěnách domů se objevovaly protiněmecké nápisy. Již 16. března rozjelo gestapo první velkou celoprotektorátní akci Gitter, v rámci které měli být zatčeni politicky aktivní komunisté, zednáři či političtí a židovští emigranti z Říše. Na Českobudějovicku bylo zatčeno 343 osob. O den později se naposledy sešlo městské zastupitelstvo, aby pod taktovkou nacistů odhlasovalo přejmenování náměstí a některých ulic po nacistických pohlavárech.