Třeštík se specilizoval na dějiny raného středověku ve střední a východní Evropě. Široká veřejnost jej znala hlavně díky jeho originálnímu výkladu filosofie dějin.

Říkal například: "Historie není strukturovaný a uspořádaný soubor faktů a událostí uložený v minulosti, kde ho historikové nalézají. Historie je konstrukce, stejně jako každý výrok o skutečnosti my vybíráme a očišťujeme fakta. Vytváříme příběhy a v nich je obsaženo plno možností. Konstruujeme smysly a ty jsou v historii obsažené."

V posledních letech pracoval v Centru medievistických studií při Akademii věd České republiky.