Na prvním místě mezi faktory, které pomáhají ochraně přírody, Matějka jmenoval existenci občanských iniciativ, jako je Hnutí Duha. Pomáhají podle něj především upozorňovat na témata, která jsou důležitá. Naopak za nejškodlivější jev považuje „stálé invektivy vůči občanským iniciativám.“

Kladný vliv na ochranu přírody a postoj k tomuto tématu mají podle něj i studie, kterých v posledních letech vznikla celá řada. „Přinesly mnohé poznatky, které však často končí v šuplíku,“ řekl. Týká se to jak studií ekologických hnutí, tak těch, které jsou zpracovávány na vysokých školách.

Za negativní považuje Matějka také nedodržování schválených programů péče. Ty se schvalují na deset let. „Jsou v podstatě nezávazné a stávalo se mi, že jsem ve zpracovávaném plánu navrhoval ponechání bez zásahu, ale po pěti letech jsem přijel na místo a lesní porost byl vykácen,“ uvedl.

Ochraně přírody škodí podle něj také neochota rozšiřovat chráněná území. „Jak dlouho se už vede debata o národních parcích Křivoklátsko a Jeseník,“ uvedl. Místo toho je podle něj silný tlak na rozšiřování zástavby, a to i v územích, která k tomu nejsou vhodná, jako jsou záplavové zóny na Moravě, kde byla voda při povodních v roce 1997.

Za škodlivý považuje i tlak na vykácení dřevin podél železničních tratí či silnic. „Mají mnohdy nezastupitelnou roli v krajině ČR, jsou to jedny z mála liniových prvků, které spojují ekocentra,“ řekl.

Kritizoval i upřednostňování technických řešení místo těch, které jsou přirozená. Příkladem je problém s vodou. „Vše je podle techniků nejlepší řešit techniky, například tím, že se postaví přehrady. Už méně se mluví o tom, že by bylo nejlepší změnit ochranu půdy v ČR,“ upozornil.

Kromě občanských iniciativ považuje za pozitivní pro ochranu přírody stabilizaci Národního parku Šumava, novelu zákona o ochraně přírody a krajiny a existenci ekologických studií.

Komise pro životní prostředí je jedním z pomocných orgánů Akademické rady AV ČR. Jejími členy je zhruba 15 vědců z různých ústavů. Spolupracuje s ministerstvy a komisemi v Poslanecké sněmovně či Senátu Parlamentu ČR.