Systém, který by měl být podle návrhu zaveden od voleb do Poslanecké sněmovny v roce 2014, má však řadu kritiků. Lidé, kteří se v rámci připomínkového řízení k projektu vyjadřovali, mu podle předkládací zprávy pro kabinet vytýkají zejména jeho finanční náročnost, možnost napadení systému hackery či riziko oslabení legitimity politického systému. Zmiňují se také o otázce nedůvěry voličů ke spolehlivosti tohoto typu hlasování nebo jeho možného zneužití – kupování hlasů.