Obnovené zřízení zemské z roku 1627 prohlásilo za jediné legální vyznání v Čechách katolické náboženství. Českým protestantům, kteří nebyli ochotni konvertovat, zbývalo jako jediné řešení odejít do exilu. Luteráni a novoutrakvisté zamířili do Saska, příslušníci Jednoty bratrské zejména do Polska.

Praha se z hlavního města českých stavovských povstalců a "vzdorokrále" Fridricha Falckého změnila opět v město, které je z politického hlediska loajální k Habsburkům a po stránce náboženské náleží ke katolické církvi. Chmurným symbolem nových pořádků zůstávaly hlavy popravených českých pánů, stále zahnívající v železných koších na Staroměstské mostecké věži. Na podzim roku 1631 však přišel zlom - do Čech vtrhla saská vojska.

Masakr v Magdeburgu poslal Sasy proti katolíkům  

Předehra k tomuto dějství nastala již o více než rok dříve, v polovině roku 1630. V té době se v severním Německu na ostrově Usedom vylodil s třináctitisícovou, dobře vycvičenou armádou švédský král Gustav Adolf, který se tímto krokem připojil v třicetileté válce k protestantské straně.

Svůj manévr provedl v době, jež byla pro něj velice výhodná - krátce předtím byl totiž vrchního velení habsburské císařské armády zbaven velice schopný vojevůdce Albrecht z Valdštejna, jehož příliš velké moci se začal obávat vídeňský dvůr.

Valdštejn byl přitom asi jediný velitel vojsk na katolické straně, který byl schopný švédskému panovníkovi opravdu čelit. Naopak jeho nástupce ve funkci, generál Jan Tserclaes Tilly, se záhy dopustil velice nešťastné taktické chyby, jež se měla katolíkům hrubě nevyplatit.

Tillyho armáda oblehla v březnu 1630 protestantské město Magdeburg, ale nedokázala ho přimět, aby se vzdalo. Poté, co ani dva měsíce velmi těžkého obléhání nevedly ke kapitulaci magdeburských, pustil Tilly 20. května své rozzuřené a vyhladovělé muže proti hradbám, a když se po třech hodinách zuřivého boje dostali konečně do městských ulic, nechal je spáchat snad vůbec nejstrašnější masakr celé třicetileté války.

Tillyho vojáci vztekle vraždili, rabovali, znásilňovali, shazovali městské obyvatele z hradeb, napichovali je na kůly, nechávali je zaživa vláčet koňmi a upalovali je v kostelích, kde se mučení a pronásledovaní lidé snažili najít azyl a bezpečí. Mnozí měšťané nakonec volili raději sebevraždu, než aby se dostali do rukou rozběsněným žoldnéřům. Vše završil požár, který zničil téměř všechny domy a dokonal dílo zkázy.

Masakr v Magdeburgu pobouřil celou Evropu a otočil proti habsburské monarchii i řadu jejích bývalých stoupenců, včetně severoněmeckých knížat. Jedním z nich byl i bývalý Valdštejnův podmaršálek, saský kurfiřt a generál Jan Jiří z Arnimu. V obavě, aby se v Sasku neopakovalo řádění habsburské armády, se přidal na stranu Gustava Adolfa.

Sasové vrážejí do Čech

Spojená švédsko-saská vojska rozdrtila 17. září 1631 u vesničky Breitenfeld nedaleko Lipska Tillyho oddíly, čímž se Švédům otevřela cesta do nitra římskoněmecké říše a Sasům do téměř nechráněných Čech. 

Arnimova invazní armáda čítala podle různých odhadů zhruba osm tisíc až devět tisíc mužů, z toho asi dva tisíce jezdců a zbytek pěšáků. Následovaly ji také stovky českých emigrantů, kteří v jejím vpádu viděli příležitost k návratu a opětovnému zvrácení politických poměrů ve svůj prospěch.

Vojsko rychle postupovalo přes Děčín, Litoměřice, Roudnici a Slaný na Prahu. A třebaže to zřejmě nebylo velitelovým úmyslem, nepočínalo si o mnoho ohleduplněji než císařští v Magdeburgu. "Když von Arnimovy jednotky obsadily Ústí, oblehli i hrad Střekov. Očitý svědek událostí později vyprávěl, že získaly rabováním velkou kořist a mnoho vína. Špatně vybavení saští vojáci, někteří dokonce bez bot, se tam dopustili takových zločinů, že Arnim musel nechat čtyři z nich oběsit a dva narazit na hák," vzpomínal před devíti lety Ústecký deník.

Saský vpád byl pro Prahu i pro vídeňský císařský dvůr velmi nemilým překvapením. Všichni zemští úředníci i vojenský velitel Prahy generál don Baltazar de Marradas před Sasy z města raději uprchli, následovali je také mnozí Pražané. Z města byly odvezeny korunovační klenoty, zemské desky i mnohé chrámové cennosti.

Když saská vojska stanula 15. listopadu na Bílé hoře, Praha se okamžitě bez boje vzdala. Kapitulační smlouva, kterou městské rady Starého i Nového Města a Malé Strany s Arnimem dohodly, měla uchránit město před drancováním a jeho obyvatele před válečnými útrapami, saská armáda ji však jako každé okupační vojsko dodržovala jen v té míře, v jaké sama chtěla. "Zachovaly se zprávy o vylupování domů saskými vojáky, měšťané si stěžovali na nejrůznější útisky, velmi je zatěžovala nařízená výživa vojska i to, co jednotliví žoldnéři vyžadovali navíc," píše se v první díle knihy Dějiny Prahy, vydané v roce 1997.

Protestantské sny se nesplnily

Se Sasy se vrátili do Prahy také první z pobělohorských exulantů, jejichž nejvýznamnějším politickým činem na jejím území se stalo sejmutí lebek popravených českých pánů ze Staroměstské věže a jejich uložení na dodnes neznámém místě. Neprosazovali však žádné personální změny ani v městských radách ani v jiných úřadech, takže katoličtí měšťané se po celou dobu okupace podíleli na správě města.

Na jaře 1632 se v Rakousích zformovala armáda pod velením Albrechta z Valdštejna, opětovně povolaného do funkce vrchního generála císařských vojsk, a na sklonku května téhož roku donutila Sasy, aby se z Prahy a posléze i z celých Čech stáhli zpět. Konec saské okupace přinesl trpké rozčarování českým nekatolickým emigrantům, pro něž znamenal již druhý, a tentokrát definitivní odchod z rodné země a vlasti.