Většina informací o životě Jana Mydláře i jeho potomků vychází v románu historika Josefa Svátka nazvaném Paměti katovské rodiny Mydlářů v Praze, který vyšel ve čtyřech dílech v letech 1886–1889. Budoucí mistr popravčí se narodil kolem roku 1572 v měšťanské rodině v Chrudimi a byl prý nadaným studentem. Dle Svátka studoval medicínu na pražské univerzitě. Na studiích se údajně potkal i s Jánem Jesenským (Jessenius), který se stal jeho přítelem a kterého později byl nucen popravit. Mydlář prý byl přítomen první veřejné pitvě, kterou Jesenský předvedl v roce 1600, a později mu prý dodával mrtvá těla.

Údajně z nešťastné lásky – prý chtěl zachránit svoji milou, která otrávila manžela, před popravou – se nechal v Chrudimi najmout jako katovský pacholek. Ženu se mu zachránit nepodařilo, ale u řemesla již musel zůstat, neboť se stal „navždy nečistým". Popravčí živnost v té době sice mohla být výnosnou, ale kat stál až dně společenského žebříčku.

Vykonavatel popravy 27 vůdců stavovského povstání

Mydlář se odstěhoval do Prahy, kde se stal pacholkem staroměstského kata Václava Jaroše, a po jeho smrti pak úřad převzal. To se stalo nejspíš koncem 16. století, roku 1605 je Mydlář v historických pramenech uváděn už jako ten, kdo popravil v nemilost upadnuvšího maršála Heřmana Russworma, někdejšího oblíbence císaře Rudolfa II. Podle některých pramenů byl Mydlář jako kat již u mučení známého alchymisty a šarlatána Edwarda Kellyho, který zemřel v roce 1597.

Nejvýrazněji se Mydlář zapsal do dějin jako vykonavatel popravy 27 vůdců stavovského povstání po bitvě na Bílé hoře, kterou vedl na Staroměstském náměstí 21. června 1621. Jako kališník Mydlář údajně popravu protestantských vzbouřenců těžce nesl. A nikdy se prý nedokázal vyrovnat s tím, že byl nucen popravit Jesenského, kterému navíc musel před smrtí vyříznout jazyk.

Vydělal slušné jmění

Za popravy, mučení, ale i za léčení a práci rasa, vydělal Mydlář slušné jmění. Zakoupil dům v dnešní pražské ulici Na bojišti. Jeho první ženou byla dcera kata ze Slaného Alžběta Špetlová, která podle jedné z legend po exekuci českých pánů spáchala sebevraždu. Podruhé se Mydlář oženil ve svých 77 letech. To již však katovské řemeslo nevykonával. Popravčí meč „pověsil na hřebík" v roce 1632, kdy při jedné popravě zjistil, že na stínání mečem jednou ranou už fyzicky nestačí, a svůj úřad proto předal synovi Janu Václavovi.

V následujících letech se Mydlář věnoval správě majetku, mimo jiné vinohradu. Jako otec nejméně dvou dětí byl zakladatelem rodu, jehož členové později v několika generacích vykonávali katovské řemeslo v řadě českých měst. Potomkům kromě popravčích mečů, které se předávaly z otce na syna, zanechal nejen majetek, ale i vztah ke vzdělání. Soupis majetku jeho syna Jana Václava uvádí nejen mnoho cenností a obrazů, ale také knihovnu obsahující několik stovek svazků.