Krajským zastupitelstvům je například vyhrazeno koordinovat rozvoj územního obvodu, schvalovat programy rozvoje, rozpočet kraje a závěrečný účet, zřizovat příspěvkové organizace a organizační složky kraje či stanovit rozsah základní dopravní obslužnosti. V kompetenci mají i silnice 2. a 3. třídy a školství, zdravotnictví a sociální problematiku na svém území. Na rozdíl od zastupitelstev obcí mohou krajská zastupitelstva předkládat návrhy zákonů sněmovně. Mohou i vydávat obecně závazné vyhlášky.

Zřízení krajů bylo nejhmatatelnějším výsledkem první fáze reformy veřejné správy, o které se hovořilo již řadu let. Základ pro tento krok vznikl v prosinci 1997, kdy byl schválen ústavní zákon o vzniku vyšších územních samosprávných celků (VÚSC), podle něhož se v lednu 2000 republika rozdělila na 14 VÚSC, resp. 13 nově zřízených krajů a hlavní město Prahu (Praha má zvláštní postavení, např. zastupitelstvo je voleno při volbách komunálních). V roce 2000 byl přijat balík zákonů nezbytných pro reformu veřejné správy a fungování krajských samospráv, například zákony o krajích, o obcích, o volbách do krajských zastupitelstev či o kompetencích a majetku krajů.

Kraje krátce po svém vzniku začaly od státu přebírat majetek (školy, nemocnice, zařízení sociální péče, silnice nižších tříd), mnohdy to však provázely značné problémy. Spory vyústily i v několik žalob, které kraje podaly na některá ministerstva kvůli převodu majetku.

Nevyjasněná byla také otázka kompetencí nových krajských představitelů a úřadů a způsob financování krajů. Krajům chyběly vlastní příjmy a nedostatečná legislativa neumožnila sestavení krajských rozpočtů. Nedostávaly se peníze na potřebné vybavení i na úředníky, ačkoli kraje již musely zajišťovat kompetence, které na ně byly převedeny.

První krajské volby v historii ČR, které charakterizoval mizivý zájem voličů (33,64 procenta), skončily vítězstvím ODS. Z celkem 675 mandátů získala ODS 185 křesel v zastupitelstvech všech krajů. Druhá skončila tehdejší čtyřkoalice (KDU-ČSL, US, DEU a ODA) se ziskem 171 mandátů, komunisté obsadili 161 míst a sociální demokraté 111. Ze třinácti hejtmanů měla po volbách osm ODS a pět čtyřkoalice (čtyři byli členy KDU-ČSL, jeden nestraník).

Ještě úspěšnější byla ODS po dalších volbách v roce 2004, po kterých měla dvanáct hejtmanů. Jedinou výjimkou byl Jihomoravský kraj, kde funkci obhájil lidovec Stanislav Juránek. Teprve po třetích volbách v roce 2008 se ke slovu dostala levice, když vítězná ČSSD ovládla všechny kraje.