Rudolf II. dával prostor k práci i všelijakým obskurním postavám, a tak pod jeho ochranou v Praze působili vedle vědců jako byli astronomové Tycho de Brahe a Johannes Kepler nebo lékař Jan Jessenius i šarlatáni. K nejznámějším patřil magistr Edward Kelley, který ovšem později upadl v panovníkovi nemilost a skončil ve vězení. Přízni císaře – alespoň dočasné – se ale těšili i další alchymisté, kteří hledali kámen mudrců, elixír života nebo „vyráběli" zlato.

Císař Rudolf II. ovšem nebyl jen poněkud excentrickým podivínem. Vládl 36 let rozsáhlé a také zadlužené říši, potýkal se s osmanským nebezpečím i složitými poměry a vratkým mírem mezi katolíky a evangelíky. V roce 1609 dal svým majestátem Čechům náboženskou svobodu, která neměla v Evropě obdobu. V dubnu 1611 byl donucen vzdát se českého trůnu. Koncem roku pak těžce onemocněl a 20. ledna 1612 na Pražském hradě zemřel a byl pohřben v chrámu sv. Víta.