Z tohoto důvodu rozhodně nepřispěl k posílení důvěry veřejnosti v právní stát a dospělost demokracie, napsala v odlišném stanovisku ke středečnímu usnesení pléna Janů, která jako jediná z 12 soudců nepodpořila zastavení řízení. Plénum rozhodnutí zdůvodnilo vypršením funkčního období Klause.
"Výhrady mám vůči celkové koncepci většinového stanoviska i jeho argumentačním jednotlivostem. Docházím k závěru, že důvody k zastavení řízení nejsou dány a ústavní žaloba měla být věcně projednána. Tím v žádném případě nemá být řečeno, že bych byla přesvědčena o důvodnosti podané ústavní žaloby," napsala Janů.

Odlišné stanovisko uplatnil také soudce Stanislav Balík, ten ale nesouhlasil pouze s odůvodněním. Sám byl pro zastavení řízení, ale z jiných důvodů, které osvětluje spíše v náznacích a metaforách.

"Kdo jsou poškození? Oni, kteří prezidenta vítávali chlebem a solí? Ti, kteří mu podle průzkumů dlouhodobě v mnoha desítkách procent vyjadřovali důvěru? Oni, kteří jeho jménem zaštiťovali své akce? Ti, kteří žádali o autogram do jeho knih?" ptá se Balík ve svém krátkém disentu. Obě odlišná stanoviska tvoří součást usnesení ÚS, mají ale spíše akademický význam.

Senátoři v ústavní žalobě vyčítali Klausovi novoroční amnestii, otálení s podpisem dodatku Evropské sociální charty a případ soudního čekatele Petra Langra, o jehož soudcovských aspiracích Klaus navzdory pravomocnému verdiktu nijak nerozhodl. Dále jim vadilo to, že nepodepsal doplněk lisabonské smlouvy a nenavrhoval kandidáty na ústavní soudce.

Zákon v době podání žaloby neuváděl, co se stane, pokud prezidentův mandát v době řízení před ÚS vyprší. Soudci proto zvolili výklad příznivější pro žalovaného a řízení zastavili. Nová právní úprava už výslovně stanovuje, že žalobu pro velezradu lze projednat i po vypršení prezidentova mandátu.