To je ale podle zástupců univerzit i studentů zcela nevhodná forma, která by mohla ohrozit kvalitu lékařské péče, vzdělávání mediků a vědecký výzkum. Akademici proto chtějí, aby budoucí univerzitní nemocnice měly „osvědčený“ veřejnoprávní charakter. „Podle našeho návrhu jde o veřejnoprávní instituci, jak je to běžné v západoevropských zemích,“ uvedl rektor Univerzity Karlovy Václav Hampl. Vláda přitom už v dubnu schválila věcný záměr zákona, který počítá právě s nemocnicemi jako akciovými společnostmi. Kvůli neshodám s univerzitami i koaličními partnery ale ministr Julínek jednání o příslušném zákonu odložil na neurčito.

„Očekáváme kvalifikovanou a věcnou diskusi s ministerstvem zdravotnictví a ministerstvem školství,“ uvedl Hampl. Alternativní návrh ještě Julínek nečetl. „Vítám, že se akademická obec chce vrátit k jednání, která ztroskotala díky doktoru Hamplovi,“ uvedl Julínek. Veřejnoprávní princip ministr v zásadě neodmítá, ale je prý velmi obtížné v jeho rámci zajistit efektivní chod tak velkých institucí jakými budou univerzitní nemocnice.

Univerzitní návrh konzultovali pražští akademici též s Masarykovou univerzitou a Univerzitou Palackého. Návrh zákona přitom počítá se třemi hlavními orgány ve vedení univerzitních nemocnic: ředitelem, odbornou radou a dozorčí radou. Jejich kompetence by přitom měly zaručovat rovnováhu mezi úlohou státu jakožto zřizovatelem a univerzitou na druhé straně.

Návrh upravuje i to, jak mohou univerzitní nemocnice vzniknout: Buď přeměnou stávajících fakultních nemocnic, které jsou dnes státními příspěvkovými organizacemi, nebo na základě smlouvy mezi zřizovatelem a univerzitou.