Fond má podle Open Society Fund sloužit jako "jednoduchý a transparentní nástroj financování občanských iniciativ, které dohlížejí na státní správu a upozorňují na její chyby, či v partnerství s ní vytvářejí v Česku poctivější prostředí".

Expertní pomoc Fondu Otakara Motejla poskytuje rada složená z českých osobností, které vystupují proti korupčnímu prostředí. Členy rady jsou dcera Otakara Motejla Kateřina Kulíšková, politoložka Vladimíra Dvořáková a ředitel nevládní organizace Člověk v tísni Šimon Pánek.

První český ombudsman Motejl zemřel devátého května 2010 ve věku 77 let. Někdejší advokát disidentů, pozdější šéf Nejvyššího soudu a ministr spravedlnosti, patřil v průzkumech veřejného mínění k nejdůvěryhodnějším osobám z ústavních činitelů. Instituce veřejného ochránce práv, neboli ombudsmana, jež před jeho zvolením v roce 2000 v Česku neexistovala, si v jeho osobě získala respekt nejen u nevládních organizací, ale i u některých svých dřívějších oponentů.