V návrhu stanoviska však stojí, že pokud kormorán zmizel ze seznamu druhů, za které se poskytuje náhrada škody, pak poslanecká novela odporuje účelu zákona, který novelizuje. Zákon se týká poskytování náhrad škod způsobených vybranými zvláště chráněnými druhy. Kormorán už podle vlády nenaplňuje znaky zvláště chráněného živočicha. „Podle názoru vlády nelze připustit, aby byl povolen plošný odlov a zároveň stále vyplácena kompenzace," stojí v návrhu.

Vládní legislativci také tvrdí, že podle judikatury se volně žijící ryby ve vodě pokládají za „věc ničí" a že podle zákona o rybářství je možné si rybu přisvojit až jejím ulovením. To podle nich znamená, že škody na neulovených rybách se nedotýkají ničího vlastnického práva a není možné, aby za ně rybáři požadovali náhradu.

Skupina poslanců ze zemědělského výboru tvrdí, že při jednáních o vyřazení kormoránů z vyhlášky se debatovalo o novele zákona tak, aby stát poskytoval náhrady dál; do doby, než se početní stavy těchto ptáků sníží na „přijatelnou úroveň". Změnu ohledně kormoránů rybáři kritizovali. Poukazovali na to, že jediným zdůvodněním, proč kormorán zmizel z vyhlášky, byla úspora peněz za vyplácení škod. Rybáři by je měli nyní hradit ze svého; namítají ale, že přemnožení ptáků způsobil stát.

Vláda také nesouhlasí s odhadovanou výší náhrad. Tvrdí, že v roce 2012 šlo o částku 41,3 milionu korun a že objem vyplácených náhrad narůstal. Například v roce 2007 vyplatil stát jen 26,5 milionu korun.