Jedním z prvních Rusnokových úkolů bude vyřešit požadavek zástupců aplikovaného výzkumu. Chtějí, aby se přepracovala nová metodika hodnocení výzkumných organizací, kterou schválila Nečasova vláda v demisi.
RVVI je poradním orgánem vlády, který například navrhuje výdaje státního rozpočtu v oblasti vědy nebo připravuje Národní politiku výzkumu, vývoje a inovací. Rada zpracovává také priority aplikovaného výzkumu, pravidelné roční analýzy nebo hodnocení stavu českého výzkumu. Členové Rady připravují i návrhy zákonů v této oblasti a podílí se na přípravě využití evropských strukturálních fondů.
Nečasova vláda v demisi na svém posledním zasedání začátkem července rozhodla o zvýšení rozpočtu na vědu a výzkum. V příštím roce by měl vzrůst o 1,5 miliardy korun. Zvýšení se má promítnout i do let 2015 a 2016. Současný rozpočet na vědu a výzkum je 26,1 miliardy korun.
Změnila také metodiku hodnocení práce výzkumných organizací a rozdělování státních peněz, což se nelíbí Svazu průmyslu a dopravy ČR a Asociaci výzkumných organizací. Podle nich byla změna schválena narychlo a obsahuje několik zásadních pochybení. Nová metodika má podle RVVI ale řešit dřívější nedostatky a schválili ji téměř všichni členové Rady.