Ten byl v únoru odvolán z kruhu nejbližších prezidentových spolupracovníků (po pouhých 24 dnech ve funkci), protože neuváděl pravdu o svých kontaktech s ruskými diplomaty. Flynn po Trumpově nástupu do Bílého domu sloužil prezidentovi jako hlavní bezpečnostní poradce. Po 24 dnech v úřadu ale musel odstoupit kvůli svým nejasným vazbám na Rusko. Flynn totiž viceprezidentovi Miku Penceovi nejdříve řekl, že před prezidentskou inaugurací nehovořil s ruským velvyslancem Sergejem Kisljakem o amerických sankcích proti Rusku. Později připustil, že s Kisljakem jednal a že to Penceovi neřekl nedopatřením.

BBC po jeho odvolání připomněla, že právě Flynn na volebním sněmu republikánů dirigoval skandované volání po uvěznění Trumpovy soupeřky Hillary Clintonové kvůli prohřeškům s používáním soukromého serveru pro elektronickou poštu. Později rezolutně odmítal jako nepřijatelnou myšlenku, že by poradci Clintonové měli dostat imunitu. "Když potřebujete získat imunitu, tak to znamená, že jste pravděpodobně spáchali zločin," řekl tehdy televizi NBC News.

Nyní vyšlo najevo, že už v únoru požadoval Donald Trump po nedávno odvolaném řediteli FBI Jamesu Comeyemu, aby jeho úřad ve vyšetřování Flynnových vztahů s Rusy nepokračoval. Comey si to poznamenal po schůzce s Trumpem v Bílém domě. Trumpův úřad Comeyeho tvrzení popírá.