Od chvíle, kdy Američané začali plánovat opětovné vylodění na filipínských ostrovech, byla Manila hlavním cílem 6. armády generálporučíka Waltera Kruegera, jehož úkolem bylo ovládnout největší filipínský ostrov Luzon, na němž se Manila nachází.

Od října do prosince

Americký útok proti Japoncům okupujícím Filipíny začal 20. října 1944 vyloděním na filipínském ostrově Leyte. Pozemní útočnou sílu představovaly právě jednotky Kruegerovy 6. armády, jejichž úkolem bylo během čtyřfázové útočné operace obsadit ostrovy Leyte i Samar a současně malé ostrovy při vjezdu do leytského přístavu.

Čelila jim japonská Jižní skupina armád pod velením maršála Hisaičiho Teraučiho, jenž si za velitelství zvolil v květnu 1944 právě Manilu. Úkol ubránit toto město a spolu s ním i ostrov Luzon připadl japonské 14. armádě, jejíž velení převzal dva týdny před americkou invazí generálporučík Tomojuki Jamašita. 

V tvrdé bitvě o Leyte se Američanům podařilo ještě v říjnu porazit na moři japonské loďstvo a během prosince dostat pod kontrolu i většinu ostrova. Jeho postupným ovládnutím se vytvořila šance na možné osvobození celého filipínského souostroví, k tomu ovšem bylo nezbytně třeba zlikvidovat nebo alespoň zneschopnit japonské síly na největším ostrově souostroví Luzon. Tento ostrov byl pro Japonce důležitější než celý zbytek Filipín. Jeho udržení by jim umožnilo zachovat si kontrolu nad námořními cestami spojujícími Japonsko s obsazenými územími v Malajsku a v Indonésii. 

Jaderný výbuch v Hirošimě:

Dobývání Luzonu začalo hladce

Dne 9. ledna 1945 proběhlo vylodění amerických jednotek 6. armády (opět pod Kruegerovým velením) v Lingayenské zátoce na Luzonu. Šlo o největší americkou výsadkovou akci během celé druhé světové války. Vylodění provedly dva sbory patřící k 6. armádě a ke XIV. sboru. První sbor se vylodil u města San Fabian, druhý u města Lingayen. Vylodění proběhlo bez větších problémů, zejména díky tomu, že velitel 14. armády Jamašita nehodlal bránit vyloďovací pláže a raději se stáhl do přilehlých hor. 

Krueger dostal od vrchního velitele amerických invazních vojsk generála Douglase MacArthura rozkaz, aby po obsazení pobřeží a manilské zátoky postupoval na jih směrem na hlavní město, které měl dobýt do 26. ledna 1945 (podle některých zvěstí chtěl MacArthur v tento den oslavit v Manile své narozeniny). Kvůli odporu japonských jednotek se tento harmonogram nepodařilo přesně dodržet, nicméně 29. ledna útok na Manilu přece jen začal (šlo o vůbec první tichomořské velkoměsto, které Američané během 2. světové války dobývali).

Ve městě byl původně očekáván jen slabý odpor japonských okupačních sil, protože velitel japonské 14. armády Jamašita původně plánoval jen symbolický odpor a potom stažení japonské posádky z Manily, aby si uchoval síly pro zdržovací válku v horách a zabránil úplnému zničení města.

Manila se změnila v noční můru

Kontraadmirál manilské japonské posádky Sandži Iwabači se však rozhodl Jamašitovy rozkazy ignorovat a vést místo toho zničující boj až do posledního muže. Na 17 tisíc příslušníků námořnictva a čtyři tisíce mužů pozemního vojska se stáhlo do 300 let starého opevněného města Intramuros, kde i v naprostém obklíčení bojovalo s nevídanou zuřivostí, zarputilostí a také krutostí vůči původním filipínským obyvatelům města.

Podle pozdějšího zprávy hlavního inspektora amerického XIV. sboru se japonské jednotky dopustily na civilistech v obklíčeném městě mimo jiné následujících válečných zločinů - vraždění shromážděných neozbrojených mužů, žen i dětí střelbou, bajonety i granáty, házení granátů do okopů a krytů, v nichž se schovávali civilní obyvatelé, upalování civilních osob v domech se zatlučenými okny i dveřmi, stínání neozbrojených mužů meči a mučení jak vojenských, tak i civilních zajatců za účelem získávání informací.

Další násilí spáchali japonští vojáci na filipínských dívkách, které hromadně znásilňovali - japonské velení to označovalo za "poskytnutí pohodlí" bojujícím vojákům.

Přesto je však nezbytné dodat, že na obrovských ztrátách mezi civilními obyvateli se nepodíleli jen Japonci, ale i mohutné americké dělostřelecké ostřelování města, k němuž 6. armáda přistoupila poté, co kvůli urputným pouličním bojům pochopila, že Japonci raději zemřou, než by se vzdali. Pevnost Intramuros se tak stala cílem nejmohutnějšího dělostřeleckého útoku v dějinách, při němž do ní dopadalo 10 tisíc granátů za hodinu. Přesto trvalo tři týdny, než se podařilo prolomit její hradby.

Odpor Japonců byl nakonec zlomen až 3. března 1945, tedy měsíc od zahájení dobývání města. Dne 4. března pak generál MacArthur vydal komuniké, že Manila byla zcela osvobozena.