Lincoln byl roku 1863 při otevření národního hřbitova u Gettysburgu a po proslovu onemocněl. Měl vysokou horečku, cítil se slabý a unavený, trpěl bolestmi hlavy a zad a měl kožní nález. Symptomy přetrvávaly tři týdny.

Jeho lékaři mu nejdřív říkali, že je nachlazen, až později mu jeden z nich přiznal, že má neštovice. Řekl mu ale, že je to jenom mírná forma. Profesor pediatrie z Texasu Armond Goldman se domnívá, že lékaři možná nechtěli šířit paniku, aby si veřejnost nemyslela, že prezident umírá.

Neštovice byly vymýceny v roce 1979, ale v 19. století byly velmi rozšířené. Umíralo na ně 30 procent nemocných. Existovala sice primitivní vakcína, ale imunizováno bylo jen málo lidí a ti pak, pokud se nakazili, onemocněli jen mírnou formou neštovic. Historici se dosud domnívali, že do této skupiny patřil i Lincoln.

Goldman a jeho spolupracovník Frank Schmalstieg ale z popsaných symptomů usuzují, že prezident onemocněl vážno formou neštovic, což naznačuje, že imunizován nebyl. Goldman napsal v článku v časopise The Journal of Medical Biography, že Lincolnova smrt v roce 1863 by zřejmě hluboce ovlivnila budoucí chod historických událostí. "To, čeho pak ještě Lincoln dosáhl, by zřejmě trvalo mnohem déle a asi by to nebylo tak dokonalé," domnívá se Goldman.

Občanská válka vypukala ve Spojených státech roku 1861. Po počátečných bojových neúspěších armád Unie se roku 1864 karta obrátila v neprospěch Jihu a v roce 1865 skončila kapitulací jižanské armády. Roku 1865 bylo zrušeno otroctví a Lincoln byl téhož roku podruhé zvolen do úřadu. Krátce po kapitulaci Jihu byl na něj ale washingtonském divadle spáchán atentát.