Projekt ponorek S-80 provázejí problémy dlouhodobě. Nové ponorky musely být s obrovskými náklady přepracovány. V roce 2013 se totiž ukázalo, že se španělští inženýři přepočítali a ponorka váží o 100 tun více než by měla, což způsobilo problém se vztlakem. Jednoduše řečeno, ponorka by sice byla schopná se ponořit, ale už by se nedokázala znovu vynořit.

Bývalý španělský představitel řekl agentuře AP, že někdo v té době dal desetinnou čárku na nesprávné místo a „nikdo nevěnoval pozornost tomu, aby překontroloval výpočty.“ Tato na pohled triviální chyba stála 14 milionů euro (362 milionů korun).

Státní společnost Navantia, která pro námořnictvo ponorky S-80 vyvíjí a vyrábí, se rozhodla nadváhu ponorky vykompenzovat tak, že jí prodlouží. Zatímco původní návrh počítal s délkou 71 metrů a hmotností 2200 tun, nová S-80 je o rovných deset metrů delší a hmotnost se zvýšila na tři tisíce tun.

Jak však nyní upozornil španělský deník El País, po této změně jsou již doky na základně v Cartageně pro nové ponorky příliš krátké a budou muset být nákladně přebudovány a prodlouženy, aby se tam S-80 Plus vešly.

Výrazně se však zvýšila i cena nové ponorky, která se podle novin proti původnímu plánu téměř zdvojnásobila. Za jednu ponorku S-80 Plus tak nyní námořnictvo zaplatí téměř miliardu euro (25,9 miliard korun).

Španělská ministryně obrany Margarita Roblesová v rozhovoru pro španělské rádio připustila, že „v projektu byly nedostatky“. Trvala však na tom, že „jsou již opraveny a projekt je naprosto životaschopný“.