Hranice mezi oběma územími, které od roku 2011 tvoří dva nezávislé státy, byly uzavřeny ve chvíli, kdy se po dlouhé občanské válce jih osamostatnil, o čemž rozhodli jeho obyvatelé v referendu. Bašír nyní nařídil súdánským úřadům, aby provedly nutné kroky k otevření hranic.

Jižní Súdán je nejmladším státem a patří k nejchudším na světě. Jeho vztahy se severním sousedem jsou napjaté kvůli obviněním ze strany Chartúmu, že Jihosúdánci podporují rebely v dlouholetém konfliktu v západosúdánské oblasti Dárfúru.

Tamní boje začaly už v roce 2003. Proti vládě tehdy povstala hnutí nespokojená s přehlížením problémů černošského obyvatelstva ve prospěch Arabů. Kabinet, v němž převažovali Arabové, na povstání odpověděl masakry, při nichž podle odhadů OSN zahynulo na 300.000 lidí a dalších 2,7 milionu jich muselo opustit svůj domov. Prezident Bašír byl kvůli tomu obviněn z válečných zločinů a genocidy, navzdory mezinárodnímu zatykači vydanému Mezinárodním trestním soudem (ICC) ale zůstává na svobodě.

Od prosince 2013 je dějištěm konfliktu i Jižní Súdán. Stojí v něm proti sobě síly loajální prezidentovi Salvovi Kiirovi a povstalci věrní bývalému viceprezidentovi Rieku Macharovi. Od konce srpna sice platí příměří, ale je porušováno.